Nei giorni scorsi il Consorzio Exscalate4Cov supportato dalla Commissione Europea, ha realizzato l’esperimento di supercalcolo più complesso mai realizzato al mondo per identificare nuove terapie contro il virus Sars Cov2.

“L’obiettivo è stato quello di testare oltre 70 miliardi di molecole su 15 siti attivi del virus attraverso l’elaborazione di mille miliardi di interazioni in sole 60 ore usando interamente i due supercomputer Italiani di CINECA e ENI. I 65 TeraByte di risultati prodotti dalla simulazione rappresentano una conoscenza senza precedenti della interazione del virus con possibili farmaci” racconta il Prof. Gianluca Palermo che ha coordinato l’esperimento per il Politecnico di Milano.

Ciò è stato possibile grazie alla disponibilità della potenza di calcolo (81 petaflop: milioni di miliardi di operazioni al secondo) di HPC5 di Eni, il supercomputer industriale più potente al mondo, di Marconi100 di CINECA, e al software di screening virtuale accelerato dal Politecnico di Milano e Cineca, e alla biblioteca molecolare Exscalate di Dompé. L’esperimento ha usato 2300 nodi di elaborazione dei supercomputer CINECA-Marconi100e Eni-HPC5, per un totale di 1600 processori IBM-Power9 (25600 core), 3000 processori Intel Xeon Gold 6252 (72000 core), e 11200 NVIDIA V100 GPU, raggiungendo una capacità di elaborazione di oltre 5 milioni di molecole al secondo!

Si tratta di un nuovo traguardo per la ricerca in questo ambito. Come termine di paragone la simulazione appena svolta è più’ di 300 volte più’ grande e 500 volte più veloce di quella realizzata negli stati USA a giugno di quest’anno usando il supercomputer americano SUMMIT.

I risultati saranno resi disponibili sul portale mediate.exscalate4cov.eu, permettendo di ammortizzare sui ricercatori di tutto il mondo il grande sforzo computazionale fatto durante l’esperimento.

Hanno contribuito all’esperimento oltre al Prof. Gianluca Palermo, anche Davide Gadioli, Emanuele Vitali e la Prof. Cristina Silvano.