Laboratorio di Bioinformatics and Web Engineering
http://dbgroup.elet.polimi.it

Attività

In questo laboratorio studenti, dottorandi e ricercatori lavorano allo sviluppo di prototipi per la gestione, integrazione, condivisione e analisi di dati tramite sistemi informatici, con particolare applicazione all’ambito bioinformatico e del Web.
Le principali tematiche trattate sono:
  • la rappresentazione dei dati
  • i linguaggi che consentono l’aggiornamento, interrogazione, ricerca ed estrazione dei dati
  • le architetture informatiche specializzate nella gestione, interrogazione e analisi dei dati.

L'attività di ricerca riguarda la definizione di modelli, metodologie e strumenti per la gestione efficace ed efficiente di grandi collezioni di dati e la loro interrogazione, mining e analisi per estrarre nuova conoscenza. Oltre che sulle tematiche tradizionali, l'attività di ricerca si concentra sullo sviluppo di sistemi informativi per il Web, e sulla costruzione di strumenti per comporre sistemi di ricerca ed estrazione dati sul Web (Search Computing) e nel Cloud, con particolare applicazione alla gestione, interrogazione e analisi di grandi moli di dati e informazioni biomediche e bioinformatiche, tra cui quelle derivanti dalle innovative tecnologie per il sequenziamento del DNA (Genomic Computing). Nella maggior parte dei casi, i risultati di ricerca vengono incorporati in applicazioni innovative e tool dimostrativi prototipali, resi pubblicamente disponibili sul Web.
Negli ultimi anni, la ricerca ha riguardato principalmente le seguenti linee di ricerca:
  • Search Computing: un progetto finanziato da ERC che ha per obiettivo lo sviluppo di linguaggi e metodi per l’integrazione di dati guidati dal loro ranking. Le ricerche di informazioni vengono gestite tramite servizi che rendono accessibili fonti dati distribuite e eterogenee (www.search-computing.it).
  • Genomic Computing: incentrato sulla gestione e analisi di grandi quantità di dati genomici prodotti dalle tecnologie di nuova generazione per il sequenziamento del DNA. In collaborazione con IEO e IIT (www.ifom-ieo-campus.it), ambisce a costruire una potente infrastruttura computazionale che possa processare i dati generati dalle macchine per il sequenziamento del DNA e permetta realizzare facilmente visualizzazioni, interrogazioni, analisi, mining e ricerche in collezioni di dati genomici distribuite e disponibili a livello mondiale. L’obiettivo è generare una infrastruttura computazionale standard, altamente efficiente, estendibile e facilmente utilizzabile – l’“Internet dei genomi” – per supportare gli scienziati nella ricerca genomica.
  • Gestione dei dati nei sistemi pervasivi: incentrato sulla gestione e analisi di grandi quantità di dati prodotti dalle tecnologie pervasive di nuova generazione come reti di sensori, RFID, smart devices, reti sociali, propone metodi e modelli per la progettazione di sistemi adattativi basati sul contesto e di metodi di analisi orientati alla semplificazione dell’interazione dell’utente con grandi quantità di dati. Il progetto Green Move http://gm.polimi.it ha usufruito di queste tecnologie.

Principali risultati di ricerca
GPKB – Genomic and Proteomic Knowledge Base (www.bioinformatics.deib.polimi.it/GPKB) consente agli utenti di realizzare visualmente interrogazioni complessive su dati biomedici eterogenei integrati, anche molto numerosi; è basato sul Genomic and Proteomic Data Warehouse (GPDW), che abbiamo creato integrando informazioni fornite da varie banche dati biomediche-molecolari ben conosciute, tra cui: Entrez Gene, Homologene, MINT, IntAct, Expasy Enzyme, GO, GOA, BioCyc, KEGG, Reactome e OMIM.

Bio-SeCo – Bio Search Computing (www.bioinformatics.deib.polimi.it/bio-seco/seco) offre un ambiente integrato che semplifica la ricerca, esplorazione e combinazione basata su ordinamenti parziali di dati eterogenei forniti da servizi di ricerca registrati, e fornisce risultati globali che possono aiutare a rispondere a domande biomediche complesse multi argomento.

GFINDer – Genome Function INtegrated Discoverer (www.bioinformatics.polimi.it/GFINDer) è un sistema per scoprire, usare ed estrarre una grande quantità di informazioni genomiche da database online eterogenei e distribuiti per sostenere l'interpretazione biomedica di esperimenti biomolecolari ad alta produttività.
PerLa – PERvasive Language (http://perlawsn.sourceforge.net/index.php) propone un linguaggio e un middleware per la gestione dei dati nei sistemi pervasivi.
  Area di Ricerca
Linee di ricerca

Informazioni di servizio


Il laboratorio si trova nella sede principale del DEIB e segue gli orari di apertura e chiusura del Dipartimento.