Giulia Guidi
Graduate student in Biomedical Engineering - Politecnico di Milano
DEIB - NECST Meeting Room (Edificio 20, piano seminterrato)
October 27th, 2017
12.00 pm
Research line:
System architecture
La conoscenza della completa sequenza di DNA di un organismo è fondamentale per indagare in modo dettagliato le variazioni genetiche e epigenetiche. Oggi, i sequenziatori di terza generazione sono in grado di generare sotto-stringhe di DNA chiamate “read” con una lunghezza media molto più lunga rispetto alle read generate con le tecnologia di precedente generazione. L’aumento in lunghezza permette di allineare sequenze in modo univoco e fornisce di conseguenza risultati di qualità maggiore. Tuttavia, questi dati presentano ancora elevate percentuali di errore, fino al 15%, che rendono difficile la procedura di allineamento e assemblaggio delle read.
Il nostro progetto propone un approccio innovativo per gestire i dati erronei nella fase iniziale della procedura di assemblaggio, che consiste nell’allineare efficacemente le read. Per scoprire in modo efficiente le sovrapposizioni tra sotto-stringhe, sfruttiamo la moltiplicazione tra matrici sparse. Il nostro algoritmo è al momento in grado di identificare percentuali di dati corretti oltre il 90% per diversi genomi.
NECSTLab è un laboratorio del DEIB, focalizzato su diverse aree di ricerca nel mondo dei computer: dalle caratteristiche architetturali alle metodologie di co-design hardware-software, fino alle problematiche di sicurezza e affidabilità.
Ogni settimana, i "NECST Friday Talk" invitano ricercatori, professionisti o imprenditori a raccontare le loro esperienze lavorative e i progetti che stanno realizzando nel settore "Computing Systems".